区分建物（マンション）の抵当権抹消登記にかかる登録免許税は、基本、物件１つにつき１，０００円です。
そのため、専有部分（お部屋）とマンションの敷地が２筆といったケースでは、３，０００円（部屋１、敷地２）の登録免許税が発生することになります。

ただし、これは敷地権の種類が"所有権"や"地上権"であった場合の話です。

ケース的にはそう多くはないと思いますが、仮に対象となる区分建物の敷地権の種類が"賃借権"や"転借権"であった場合は、元より抵当権の効果は及んでいません。
消す消さない以前に付いていないわけです。

そのため、そのようなケースでは、登録免許税はお部屋部分の１，０００円のみとなりますのでご注意を。
※抹消登記の申請書にも、敷地権の表記はしないものが一般的かと思われます。