端的に言うと、対象となるマンションが敷地権化されているかどうかで結論が異なります。


まず、敷地権化されているマンション（区分建物）の場合ですと、建物を管轄する法務局にのみ申請を行えば事足ります。
たとえ敷地の一部が別管轄であろうとも、敷地権化された区分建物は一体化した権利ですので、別に他管轄で敷地の登記を行う必要はないのです。


続いて、敷地権化されていないマンション（区分建物）の場合は、建物及び敷地、双方を管轄する法務局での登記が必要になってきます。
上記とは異なり、敷地権化されていない以上は、一体化した権利ではないため、原則通りそれぞれについて管轄法務局での登記が必要となると...


住宅ローン（抵当権）がある場合などは大変です。
一斉に申請できないこともないでしょうが、一般的には登録免許税等の関係でメインとなる管轄法務局での登記完了後、もう一方を管轄する法務局で敷地の移転登記と抵当権の追加設定を行うことになるでしょう。